Die in der Agentur wird – zum Teil auch wagnisbehaftete – Forschungs- und Ideenfinanzierung zielgerichtet finanziert. Die Agentur soll in neu aufkommende Technologien mit Potenzial für Sprunginnovationen in der Cybersicherheit investieren und Ideenträgerinnen und Ideenträger – zeitlich befristet, aber mit hohem Mitteleinsatz – fördern. Sie gehört als Inhouse-Gesellschaft zu 100% der Bundesrepublik Deutschland und wird gemeinsam vom Bundesministerium der Verteidigung und dem Bundesministerium des Innern, für Bau und Heimat getragen.
Die neue Cyberagentur setzt bereits bei der Grundlagenforschung an und ist aufgrund ihrer Aufgabenstellung als Ergänzung zum Cyber Innovation Hub des BMVg oder der Zentralen Stelle für Informationstechnik im Sicherheitsbereich (ZITiS) des BMI zu sehen.